Vyskupų konferencijos taryboms vadovauja pirmininkas, kuriuo trejų metų laikotarpiui renkamas vyskupas. Tarybos pirmininkas iš kunigų bei pasauliečių parenka kitus tarybos narius ir pateikia jų kandidatūras tvirtinti plenariniam posėdžiui. Tarybos turi patariamojo balso teisę.
Tarybos už savo veiklą atsiskaito plenariniam posėdžiui.
LVK Ekumeninių reikalų taryba
Pirmininkas: vyskupas Darius TRIJONIS.
LVK Jaunimo reikalų taryba
Pirmininkas: vyskupas Saulius BUŽAUSKAS.
LVK Ryšių su Lenkijos Vyskupų Konferencija taryba
Pirmininkas: vyskupas Jonas IVANAUSKAS.
LVK Socialinių reikalų taryba
Pirmininkas: arkivyskupas Kęstutis KĖVALAS.
LVK Šeimos reikalų taryba
Pirmininkas: vyskupas Arūnas PONIŠKAITIS.
LVK Užsienio lietuvių sielovados taryba
Pirmininkas: arkivyskupas Lionginas VIRBALAS.
